HBase的数据以KeyValue(Cell)的形式顺序的存储在HFile中，在MemStore的Flush过程中生成HFile，由于MemStore中存储的Cell遵循相同的排列顺序，因而Flush过程是顺序写，我们直到磁盘的顺序写性能很高，因为不需要不停的移动磁盘指针。
HFile参考BigTable的SSTable和Hadoop的TFile实现，从HBase开始到现在，HFile经历了三个版本，其中V2在0.92引入，V3在0.98引入。
V1
V1的HFile由多个Data Block、Meta Block、FileInfo、Data Index、Meta Index、Trailer组成。
- Data Block是HBase的最小存储单元，在前文中提到的BlockCache就是基于Data Block的缓存的。一个Data Block由一个魔数和一系列的KeyValue(Cell)组成，魔数是一个随机的数字，用于表示这是一个Data Block类型，以快速监测这个Data Block的格式，防止数据的破坏。Data Block的大小可以在创建Column Family时设置(HColumnDescriptor.setBlockSize())，默认值是64KB，大号的Block有利于顺序Scan，小号Block利于随机查询，因而需要权衡。
- Meta块是可选的
- FileInfo是固定长度的块，它纪录了文件的一些Meta信息，例如：AVG_KEY_LEN, AVG_VALUE_LEN, LAST_KEY, COMPARATOR, MAX_SEQ_ID_KEY等。
- Data Index和Meta Index纪录了每个Data块和Meta块的其实点、未压缩时大小、Key(起始RowKey？)等。
- Trailer纪录了FileInfo、Data Index、Meta Index块的起始位置，Data Index和Meta Index索引的数量等。其中FileInfo和Trailer是固定长度的。
KeyValue
HFile里面的每个KeyValue对就是一个简单的byte数组。但是这个byte数组里面包含了很多项，并且有固定的结构。我们来看看里面的具体结构：
开始是两个固定长度的数值，分别表示Key的长度和Value的长度。紧接着是Key，开始是固定长度的数值，表示RowKey的长度，紧接着是 RowKey，然后是固定长度的数值，表示Family的长度，然后是Family，接着是Qualifier，然后是两个固定长度的数值，表示Time Stamp和Key Type（Put/Delete）。Value部分没有这么复杂的结构，就是纯粹的二进制数据了。随着HFile版本迁移，KeyValue(Cell)的格式并未发生太多变化，只是在V3版本，尾部添加了一个可选的Tag数组。
HFileV1版本的在实际使用过程中发现它占用内存多，并且Bloom File和Block Index会变的很大，而引起启动时间变长。其中每个HFile的Bloom Filter可以增长到100MB，这在查询时会引起性能问题，因为每次查询时需要加载并查询Bloom Filter，100MB的Bloom Filer会引起很大的延迟；另一个，Block Index在一个HRegionServer可能会增长到总共6GB，HRegionServer在启动时需要先加载所有这些Block Index，因而增加了启动时间。为了解决这些问题，在0.92版本中引入HFileV2版本：
V2
在这个版本中，Block Index和Bloom Filter添加到了Data Block中间，而这种设计同时也减少了写的内存使用量；另外，为了提升启动速度，在这个版本中还引入了延迟读的功能，即在HFile真正被使用时才对其进行解析。
对HFileV2格式具体分析，它是一个多层的类B+树索引，采用这种设计，可以实现查找不需要读取整个文件：
Data Block中的Cell都是升序排列，每个block都有它自己的Leaf-Index，每个Block的最后一个Key被放入Intermediate-Index中，Root-Index指向Intermediate-Index。在HFile的末尾还有Bloom Filter用于快速定位那么没有在某个Data Block中的Row；TimeRange信息用于给那些使用时间查询的参考。在HFile打开时，这些索引信息都被加载并保存在内存中，以增加以后的读取性能。
https://blog.csdn.net/pun_c/article/details/46841625
V3
FileV3版本基本和V2版本相比，并没有太大的改变，它在KeyValue(Cell)层面上添加了Tag数组的支持；并在FileInfo结构中添加了和Tag相关的两个字段。